在评估模板开发和自主研发的小程序哪个更安全时，我们需要从数据存储、代码控制、功能定制、安全架构及后续维护等多个方面进行综合考量。

模板开发小程序的安全性

1. 数据存储：模板小程序往往使用共享的服务器，这意味着多个商家或用户可能共享同一套服务器资源。这种情况下，数据的安全性可能受到一定影响，因为数据可能更容易受到其他用户的潜在威胁或影响。
2. 代码控制：模板小程序的代码通常由第三方提供，并受到模板的限制。这种限制可能导致企业无法对代码进行充分的审查或修改，从而增加了潜在的安全风险。
3. 功能定制：由于模板小程序的功能已经预设，企业可能无法根据实际需求进行深度定制。这限制了企业在安全性方面的个性化需求实现。
4. 安全架构：模板小程序的安全架构可能相对简单，缺乏针对特定安全威胁的定制化防护措施。

自主研发小程序的安全性

1. 数据存储：自主研发的小程序通常拥有自己的服务器，用于存储代码和数据。这样可以更好地控制数据的访问和传输过程，减少数据泄露的风险。
2. 代码控制：企业可以完全掌握自主研发小程序的代码，并进行充分的审查和修改。这有助于发现并修复潜在的安全漏洞，提高小程序的整体安全性。
3. 功能定制：自主研发的小程序可以根据企业的实际需求进行深度定制，包括安全功能的定制。企业可以针对特定的安全威胁制定相应的防护措施，提高小程序的安全性。
4. 安全架构：自主研发的小程序可以构建更加复杂和全面的安全架构，包括多层安全防护、数据加密、身份验证和授权等。这些措施可以大大提高小程序的安全性，保护用户数据和隐私。

综合比较

从上述分析可以看出，自主研发的小程序在安全性方面通常具有更高的优势。它们拥有更好的数据存储和代码控制机制，可以针对特定需求进行深度定制，并构建更加复杂和全面的安全架构。相比之下，模板小程序可能受到模板限制、共享服务器和数据存储方式等因素的影响，在安全性方面存在一定的不足。

然而，这并不意味着模板小程序就一定不安全。只要企业在选择模板时充分考虑其安全性，并采取适当的安全措施（如定期更新、使用安全插件等），也可以在一定程度上提高模板小程序的安全性。因此，在选择开发方式时，企业应根据自身需求和实际情况进行综合考虑。